A posição da Igreja (1917-1920)
 

De 1917 a 1920, a posição da Igreja em relação às aparições de Fátima foi de reserva prudente e de silêncio. Como é prática da Igreja em circunstâncias semelhantes, escusou-se a julgar os acontecimentos antes de se fazer uma investigação rigorosa.
Na altura das aparições, o clero português estava relutante em encorajar a crença nelas; até nem faltaram padres que desencorajavam os leigos a ir a Fátima. Esta atitude do clero explicava-se, em larga medida, pelas perseguições recentemente sofridas pela Igreja em Portugal às mãos do Governo maçónico e anti-católico. Tendo a dor das terríveis perseguições ainda fresca na memória, o clero não quis tomar atitudes que provocassem a cólera do Governo. Embora o Presidente Sidónio Pais tivesse suspendido muitas das leis anti-católicas em 1918 (o que, por sua vez, levou ao seu assassínio em fins de 1918, por decisão dos seus irmãos maçónicos), o clero português receava quaisquer acções que incitassem a uma nova repressão.
As aparições de Nossa Senhora em Fátima provocaram forte oposição de muitos lados: não só da autarquia local, como se viu pelo rapto dos três pastorinhos pelo Administrador do Concelho em Agosto de 1917, como da Maçonaria, que destruiu a Capelinha num atentado feito em Março de 1922, e até da imprensa, que era controlada pelos Maçons e fazia troça das aparições até testemunhar o Milagre do Sol em Outubro de 1917. De facto, todas as entidades que exteriorizavam desdém e ódio contra Deus e a Sua Igreja mostraram uma forte oposição aos acontecimentos de Fátima.
Mesmo assim, apesar do silêncio e da falta de apoio por parte do clero católico, e o desprezo patente e a oposição dos círculos seculares, o povo português manteve a sua crença nas aparições de Fátima e o seu apoio. Como prova do poder do laicado, o número de testemunhas presentes na Cova da Iria subiu de apenas 50 em Junho de 1917 à multidão de 70.000 que viram o milagre de Outubro. Mesmo depois de terminado o ciclo das aparições, os fiéis, enquanto aguardavam a aprovação eclesiástica oficial, continuaram a fazer peregrinações ao local sagrado onde aparecera a Mãe de Deus